En 1569, l'abbatiale de Saint Loubouer fut pillée et saccagée sous l'impulsion de Jeanne d'Albret, mère d'Henri IV et protestante. L'église, le cloître et la maison abbatiale furent entièrement rasés. Tous les ornements, joyaux, et même les cloches furent emportés. La voûte de l'église fut détruite. Seule la porte de l'église est restée intacte, ainsi que l'absidiole nord où les peintures sont très abîmées vers 1590, les prêtres du chapitre revenus de Saint Sever où ils s'étaient réfugiés et les habitants du village aidèrent à relever les ruines et à restaurer l'église.
L'église de style roman se compose d'une nef à simples collatéraux, ouvrant sur un chevet dont l'abside est semi-circulaire.
La couverture est une charpente en bois qui remonte en 1925 jusqu'à cette époque, le vaisseau central était couvert d'une voûte gothique datant de la reconstruction mais celle-ci en très mauvais état s'est effondrée vers 1900.
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