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En 1050 Pierre, évêque de Carcassonne, troisième fils du comte ROGER, reçoit l'hommage du château d'ARZENS et autre fiefs, situés dans le comté de CARCASSONNE.
Dès le XIème la Seigneurie d'ARZENS fut l'objet de disputes entre le Comté de FOIX, et ..., qui l'emporte finalement.
En 1310 le Comte de FOIX cède le château d'ARZENS et autres places au Vicomte d'Armagnac, à titre d'échange.
En 1404 la terre d'ARZENS entre par mariage dans les possessions de la maison de MIREPOIX.
En 1569 Philippe de LEVIS, seigneur de MIREPOIX, sénéchal de CARCASSONNE, est seigneur d'ARZENS.
L'église d'ARZENS n'apparaît pas dans les textes antérieurs au XIIIème siècle. Elle figure en 1269 sous son vocable de SAINT-GENIES, dans " l'ave maria " du chapitre cathédral. Elle est mentionnée comme église paroissiale dans les registres de JEAN XXII.
Ceci confirme le XIIIème siècle comme date de construction de l'église SAINT-GENIES, qui fut agrandie par la construction des chapelles au XIV, XV et XVI ème siècle, puis remaniée à l'époque contemporaine.
Au XIV ème siècle, à une date mal connue, le Cardinal d'Armagnac, curé d'ARZENS, au moment de sa promotion, appelé à ROME, " procura à son église d'ARZENS la précieuse relique de deux épines de la vraie couronne de Jésus Christ ... " L'histoire d'ARZENS et de son église connaît des épisodes dramatiques à partir de la fin du XVI ème siècle.
En 1574, postérieurement à la paix de La ROCHELLE, les huguenots se saisissent d'ARZENS, dont ils sont apparemment chassés par le Baron de MIREPOIX Seigneur d'ARZENS.
En 1591, le 22 avril, l'armée des ligueurs, après le siège de PEZENS se dirige vers ARZENS. Malgré les fortifications et cinq cents défenseurs de qualité, les assiégeants Français et Espagnols envoyés par le Sieur de Joyeuse emportèrent le siège : " le lieu forcé et tout tué et le lieu brulé ".
Les témoignages rapportent que les prêtres furent tués sur l'autel, le village brûlé et rasé, l'église brulée.
C'est peut être à la suite de ces évènements que les voûtes en pierre de la nef furent détruites et reconstruites en briques et plâtre, les doubleaux en pierre ayant résistés.
Nous n'avons pas à ce jour retrouvé de documents concernant l'église entre le XVI ème et XIXème siècle.
Au XIXème siècle plusieurs interventions importantes se firent :
En 1866, à la suite d'un legs par Mr SAISSET d'une somme de 1000 frs, pour la construction d'une chapelle dans l'église, on rajoute une quatrième travée à la nef, plus large que les autres et formant une prolongation de la nef et une chapelle latérale. On construit des contreforts pour consolider les arcs de la nef.
De 1881 à 1886, des réparations importantes eurent lieu :
Dès 1881 les voûtes de la nef menacent ruine et doivent être étayées. Un projet établi par un ancien entrepreneur Mr VILLEBRUN et un charpentier Mr HUC est d'abord approuvé par le conseil municipal.
L'architecte diocésain Mr SAULNIER ayant émis un avis défavorable, un architecte Mr PETIT, établit un rapport et un projet qui sont approuvés le 20 octobre 1884.
Ce rapport explique que les voûtes de la nef, y compris celle de la travée récente, " se fendent à tous les sens et se seraient effondrées si de solides étais encombrant l'église n'avaient été placés aux endroits les plus dangereux ".
Les voûtes doivent donc être refaites, en respectant les arcs doubleaux en pierre et le chevet d'origine.
La charpente et la toiture furent également entièrement refaites. Par ailleurs des ouvertures latérales furent créées, afin de remplacer les lucarnes circulaires en toiture qui tenaient malencontreusement la place des clés de voûtes dans le dispositif antérieur.
Le dallage fut également refait.
Ces travaux, achevés en 1886, modifièrent de façon importante l'aspect de l'édifice (surélévation des murs de la nef, création et modification d'ouvertures etc...).
En 1911 Reprise totale de la toiture de la nef, restauration de l'ensemble des façades sud, pignon ouest, façade nord jusqu'au clocher, De nouveaux travaux furent décidés en 1933, du fait de nombreuses gouttières dans le choeur de le nef. Un remaniement de la toiture fut décidé, mais il fallut également changer les bois de charpente du choeur furent surélevés et les gargouilles désaffectées.
A la suite du rapport établi en 1981 par les bâtiments de France, une partie des travaux d'entretien qu'il préconisait furent réalisées ; remaniement de la toiture nef et chapelles, réfection de toute la zinguerie, en 1981 et 1982, ainsi que l'alimentation électrique et de l'éclairage.
En 1988 l'alimentation électrique et de l'éclairage extérieur furent réalisés.
En 1997 le clocher fut restauré : couverture, réouverture et restauration des baies du clocher, beffroi, rejointoiement des façades, réfection des vitraux.
Après plusieurs autres travaux de restauration plus récents, les derniers ont eu lieu avec la restauration des peintures de la nef qui a été présentée en 2019.
 Église Saint Genès (doc. Les Estivales de la Malepère) |  Église Saint Genès (doc. Les Estivales de la Malepère) |
 Église Saint Genès (doc. Les Estivales de la Malepère) |  Église Saint Genès (doc. Les Estivales de la Malepère) |
inscrit MH partiellement : Eglise, à l'exception du porche de la sacristie axiale et de la travée occidentale ; inscription par arrêté du 27 avril 1948
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