L'ancienne église Saint-Pèlerin est située au sud-est du castrum du Bas-Empire, non loin de l'Yonne. La première mention de cette église remonte à l'épiscopat de Geoffroy de Champallement (1054-1076) : il s'agit alors d'une modeste chapelle, rendue à l'Eglise d'Auxerre avec ses dépendances. Elle devient paroissiale au cours du premier tiers du XIIe siècle, et en 1143, l'évêque Hugues de Mâcon rattache l'église et la paroisse au prieuré de chanoines réguliers de Saint-Pierre-en-Vallée. On ne connaît pas grand chose de l'histoire de l'édifice au cours du Moyen Âge, mais il semble qu'il ait été entièrement reconstruit dans la seconde moitié du XVIe siècle. On a alors créé un sous-sol afin d'isoler la nouvelle église de l'humidité et des crues de l'Yonne. D'autres travaux sont réalisés au XVIIe siècle (en particulier dans les années 1630 sur les bas-côtés et les couvertures) et l'ensemble sera vendu comme bien national le 25 octobre 1791. Les sept travées de la nef sont alors transformées en immeuble d'habitation et seul le sanctuaire est conservé. Il deviendra Eglise évangélique en 1866 et fera partie des paroisses qui intégreront l'Eglise réformée de France en 1938.
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