Le site de Lancharre semble apparaître au Ier siècle après J.C., sous le règne d'Auguste et grâce à la construction de la voie romaine reliant Tournus à Autun. D'après les fouilles archéologiques il semble que Lancharre devait être un relais d'étape indispensable pour les voyageurs ayant franchi ou devant franchir le redoutable "Col aux Chêvres". Cette prospérité ne semble pas s'être perpétuée au IIIe siècle et Lancharre tombe alors dans l'oubli. Traversées par de nombreuses invasions du Ve au Xe siècle (Celtes, Burgondes, Normandes, Hongroises) les vallées de la Saône et de la Grosne, qui délimitent le Mâconnais, ont trouvé leur identité grâce à l'implantation des moines venant de Noirmoutier à Tournus, et celle des bénédictins à Cluny. L'un des premiers exemples est celui de Chapaize, sous l'impulsion de Guillaume de Volpiano, venu de Lombardie. A proximité, les Sires de Brançion fondent un collège de chanoinesses au cours du XIe siècle. Ce n'était pas un couvent mais plutôt un "béguinage" où vivaient pieusement des dames de familles nobles. L'église primitive des XIe et XIIe siècles a été incluse dans les agrandissements du XIIIe siècle. Au début de XIIIe siècle les chanoinesses embrassent la règle de Saint Benoit puis au XVIIe siècle le prieuré est transféré à Chalon-sur-Saône, où il prit le titre d'abbaye, après une réforme de la vie monastique pour la rendre conforme aux règles bénédictines. Pour la IIe fois Lancharre tombe dans l'oubli et l'église abandonnée se délabre. La nef tombant en ruine et a été démolie, par sécurité, à une date difficile à situer. Seuls ont étés conservés le choeur avec ses absides et le transept surmonté du clocher. Lancharre qui était commune indépendante devient hameau de Chapaize en 1846. Le classement de l'église au titre de monument historique en 1930 a permis la sauvegarde de cet édifice .Parmi les 12 pierres tombales de Lancharre , 5 ont été classées en 1899.
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